艾滋病病毒是由两条单链RNA组成的逆转录病毒。感染艾滋病病毒后，除了常规的艾滋病病毒抗体检测外，还可以直接检测血液中的病毒成分，即进行艾滋病病毒核酸检测。目前，艾滋病核酸检测分为定性和定量试验。艾滋病核酸定量检测主要基于靶核酸扩增和信号放大两种方法，艾滋病核酸定性检测主要是实时定量PCR。
随着艾滋病病毒核酸检测的普及，在新版的艾滋病诊断标准中，也把艾滋病病毒核酸检测作为诊断的依据之一。除进行常规的诊断外，核酸检测在下列情况下具有特定的应用价值。因艾滋病病毒阳性母亲所生婴儿体内含有母体来源的抗艾滋病病毒的抗体，通常的抗体检测不能及时明确诊断，此时最好的方法就是进行艾滋病病毒核酸定性检测。因在艾滋病病毒感染的急性期，抗艾滋病病毒的抗体还未形成，抗体检测也很难明确诊断，针对艾滋病抗体筛查阴性、近期有流行病学史的个体,或确证结果不确定的样本，也需要进行核酸定性检测。艾滋病晚期患者可能出现HIV抗体反应不确定，可根据HIV核酸定性检测结果，结合临床病史和CD4+T淋巴细胞计数等情况，进行综合判断，确定临床诊断。
艾滋病病毒核酸定量检测就是平时大家常说的病毒载量检测，能够反映感染者体内的病毒水平。可用于监测抗病毒药物治疗效果，监测疾病进展。定期检测艾滋病病毒载量，有助于监测感染者和病人的病程变化，结合CD4+T淋巴细胞计数，为抗病毒药物治疗提供病毒学依据。和定性检测类似，针对艾滋病抗体筛查阴性、近期有流行病学史的个体，或确证结果不确定，结合流行病、和临床病史和CD4+T淋巴细胞计数等，当核酸定量检测达到设定的判断标准下也可以作为诊断艾滋病病毒感染的依据。
