如果艾滋病病毒携带者感染的病毒量很大，病毒繁殖很多，这样在潜伏期中（包括部分窗口期）就可检查HIV抗原，作为急性感染病例早期诊断的依据。
但是，如果感染的病毒不多，病毒在体内繁殖量也小，而且还可能被机体产生的抗体中和，这样，在潜伏期内就测不出抗原，因而不能对急性感染作早期诊断。
病人感染艾滋病病毒后4—12周开始出现抗体，这时窗口期结束，HIV抗原被大量的HIV抗体中和，因而测不出来，所以在潜伏期中，检查抗HIV抗体，以诊断病人是否为艾滋病病毒携带者。
潜伏期结束时HIV抗原急剧上升，说明体内的艾滋病病毒的复制加快。这时艾滋病的临床症状和体征相继出现，因此，在潜伏期中，定期检测HIV抗原水平，可以及早发现艾滋病患者，并作为药物治疗中疗效考核及预测艾滋病患者的预后的依据。
